En el Parque se ha implementado un sistema de control y evacuación de residuos que ha dado muy buenos resultados a lo largo de las distintas temporadas. Luego de la limpieza general del cerro realizada con la ayuda de la UPAM y numerosas instituciones entre las que se encontraban clubes de montaña e instituciones ecologistas, se implementó el siguiente sistema de control personalizado:
A cada andinista que ingresa al Parque a través del puesto de Horcones, (Quebrada de Horcones), o a Pampa de Leñas, (Quebrada de Vacas), en el momento en que presenta su permiso de ingreso, y realizando la correspondiente explicación del sistema, se le entrega una bolsa personal, pequeña para sus residuos, en especial los que genera en los campamentos de altura, y una bolsa más grande cada tres andinistas para que depositen en ella toda la basura que generen durante su permanencia en el Parque.
Estas bolsas están numeradas correlativamente, y se asientan en la planilla de ingreso. Al salir del Parque los andinistas deben presentar las bolsas al Guarda parque con los residuos en el interior, o en su defecto la firma del prestador de servicios que se hace responsable del descenso de su equipo y la basura correspondiente, en el permiso de ingreso. Si el andinista llega a Horcones, o al Campamento de control de Pampa de Leñas, sin su bolsa numerada o sin la correspondiente firma de la empresa responsable del descenso de la misma, se le cobra automáticamente u$s 100 de multa.
Las bolsas de basura que quedan en los campamentos de los prestadores de servicios son evacuadas en mula una vez que se llenan. Si se encuentran abandonadas bolsa de basura en las rutas de acceso o en cualquier lugar del Parque, se puede identificar a quien corresponde mediante el registro de los números que se mantiene en Horcones, y aplicar la sanción que corresponda. Durante la temporada 98-99 se evacuaron con este sistema más de 8.000 kg de residuos y el Parque quedo completamente limpio, en espera de la próxima temporada.